Dopo aver visto una creatura aliena nella sua stanza, Molly ha assistito a una scena alquanto strana: i suoi genitori sono stati sparaflashati da due misteriosi uomini in giacca e cravatta.

Non avendo subito la cancellazione dei ricordi, Molly è cresciuta con un solo desiderio nella vita, quello di rintracciare il quartiere generale dei Men in Black. Grazie alla sua determinazione, conquista l’agente O (Emma Thompson) e viene reclutata tra i MiB della cellula londinese. Nella capitale inglese M incontra High T (Liam Neeson), che le assegna come partner il biondo e affascinante agente H (Chris Hemsworth).

Sarà proprio quest’ultimo, nonostante il suo carattere un po’ ribelle, a insegnarle le basi per affrontare le creature aliene.